Στην εικόνα, ο Άγιος παριστανόταν σαν νεαρός στρατιώτης, κρατώντας στο δεξιό του χέρι σταυρό, πάνω στον όποιο υπήρχε λαμπάδα αναμμένη, γύρω δε από την εικόνα τα 12 μαρτύρια του. Σε αυτά ο Μάρτυς παρουσιαζόταν: να στέκεται ανάμεσα σε στρατιώτες και να δικάζεται από τον ηγεμόνα· να πλήττεται απ’ αυτούς με πέτρες στο στόμα και την κεφαλή· να μαστιγώνεται πάλι απ’ αυτούς απλωμένος κατά γης· να κάθεται γυμνός και να ξέεται το σώμα του με σιδερένια νύχια· να είναι κλεισμένος στη φυλακή· να βασανίζεται μπροστά στο βήμα του ηγεμόνα· να καίεται στα μέλη του σώματος του με αναμμένες λαμπάδες· να είναι δεμένος σε μάγγανο και να βασανίζεται· να βρίσκεται ανάμεσα σε θηρία αβλαβής· να είναι ξαπλωμένος κατά γης και να πιέζεται το σώμα από ένα μεγάλο λίθο· να είναι μέσα σε ειδωλολατρικό ναό βαστάζοντας στις παλάμες του αναμμένα κάρβουνα και ο διάβολος να δραπετεύει στον αέρα με θρήνους· να στέκεται μέσα σε ένα καμίνι φωτιάς έχοντας υψωμένα τα χέρια σε σχήμα δεήσεως.
Τον αρχαίο ναό που βρέθηκε η εικόνα, ανοικοδόμησε, ύστερα από πολλές προσπάθειες, ο Νείλος και τον αφιέρωσε στο όνομα του Αγίου Φανουρίου, που όπως φαίνεται συνέταξε και την Ακολουθία του.
Ένα από τα πολλά θαύματα του Αγίου Φανουρίου είναι το εξιστορούμενο στη συνέχεια. Τα χρόνια εκείνα εξουσίαζαν την Κρήτη οι Ενετοί, οι οποίοι δεν επέτρεπαν την παρουσία Ορθοδόξου Αρχιερέως στη μεγαλόνησο. Τέσσερεις άνδρες για να λάβουν τη χειροτονία ταξίδευσαν από την Κρήτη στην Κορώνη της Πελοποννήσου και κατά την επιστροφή αιχμαλωτίστηκαν από τους Αγαρηνούς, οι οποίοι φόνευσαν τον ένα και τους άλλους τρεις μετέφεραν στα Παλάτια (Μίλητο).
Όταν ο πνευματικός τους πατήρ, ονόματι Ιωνάς, πληροφορήθηκε το γεγονός, ταξίδεψε μέχρι τη Ρόδο και εκεί διαπραγματεύθηκε την απελευθέρωσή τους με τον άρχοντα Γεώργιο Πετρανή, ο οποίος είχε εμπορικές σχέσεις με τους τούρκους των Παλατίων. Λόγω όμως πολεμικών αναταραχών στην περιοχή η προσπάθεια να αφεθούν ελεύθεροι έγινε δυσχερέστερη. Ο Ιωνάς, κατά την εκκλησιαστική συνήθεια, επισκέφθηκε τον μακάριο Νείλο και εκείνος του έκανε λόγο για τον Άγιο Φανούριο και τα θαύματά του, προτρέποντάς τον να επικαλεστεί την αντίληψη και βοήθειά του για το πρόβλημα που τον απασχολούσε. Πράγματι ο πνευματικός έπραξε όπως τον προέτρεψε ο Μητροπολίτης και μετά μερικές μέρες έφθασε μήνυμα από τα Παλάτια ότι οι εξελίξεις ήταν θετικές. Οι αιχμάλωτοι Ιερείς με θαυμαστό τρόπο αφέθηκαν ελεύθεροι και ο πνευματικός τους πατήρ Ιωνάς από ευγνωμοσύνη προς τον Μεγαλομάρτυρα, επιστρέφοντας, μετέφερε στην Κρήτη αντίγραφο της Εικόνας του και τελούσε έκτοτε πανηγυρικά τη μνήμη του.
Η αγάπη και η τιμή με την οποία περιβάλλεται ο Άγιος Φανούριος έγινε αφορμή να δημιουργηθούν διάφορες ωραίες και ευλαβείς παραδόσεις στο λαό μας, ανάμεσα στις οποίες είναι και το εορταστικό έθιμο της «Πίττας του Αγίου Φανουρίου», ή της «Φανουρόπιττας» που γίνεται την παραμονή της εορτής του. Η πίτα αυτή είναι συνήθως μικρή και στρογγυλή σαν μικρός άρτος, μοιράζεται στους πιστούς και γίνεται άλλοτε για να φανερώσει κάποιο χαμένο αντικείμενο ή κάποια χαμένη υπόθεση ή ακόμα να φανερώσει την υγεία σε κάποιον ασθενή.Υπάρχει επίσης και παράδοση ότι με τη πίτα αυτή γίνεται μνεία της μητέρας του, αλλά άγνωστο για ποιο λόγο.
